21. Sept 2011 @ 
La asignatura de Bioinformatica es una optativa de la Licenciatura en Biologia, de la Facultad de CC Biologicas, Universidad Complutense de Madrid. Se imparte por ultima vez el curso 2011-12 al implantarse el Grado en Biologia (Plan Bolonia). En este sitio encontara los guiones y el software que ha sido utilizado en las clases practicas durante los ultimos cursos. Descargue el programa de la asignatura.

La asignatura de Bioinformatica introduce en su primera parte conceptos basicos de Informatica, entre estos, el uso de los sistemas de numeracion, el algebra de Boole, las puertas AND, OR, XOR y NOT y su aplicacion en circuitos digitales elementales (guiones Seminario11 y Seminario12, SimuladoresCircuitosDigitales).

La Practica 1 es una introduccion al estudio de la organizacion y funciones de los componentes de un ordenador de la familia 80x86. Los detalles de describen en los guiones P11, P12 empleando la utilidad DEBUG del antiguo sistema operativo MS-DOS y uno de los primeros lenguajes de programacion populares, que utilizaremos con fines docentes, el lenguaje QBASIC. El objetivo es comprender el funcionamiento de un ordenador: elementos del microprocesador (UAL, registros), memoria principal (RAM y ROM), familiarizandonos con el sistema de numeracion hexadecimal.

En la Practica 2 introducimos el estudio de los sistemas oparativos haciendo incapie en el modo comando: P21, P22 y P23. En particular se introduce el sistema UNIX a traves de Linux, concretamente con la aplicacion Qemu-puppy, concluyendo con el estudio de los principales comandos del antiguo sistema operativo  MS-DOS, pero que aun esta presente como modo comando en los sistemas Windows (95, 98, XP, 7 etc.) de Microsoft.

En las Practicas 3-5 haremos un breve recorrrido aprendiendo los rudimentos de la programacion en lenguaje C. Para ello utilizaremos el compilador gratuito Dev-C++, originalmente desarrollado para Linux y más tarde para s.o. Windows, describiendo los guiones C0, C1, C2, C3, C4 y C5 la traves de programas de ejemplo las estructuras basicas de programacion a un nivel elemental.

La simulacion es sin duda hoy en dia una de las metodologias mas importantes en diversos ambitos del conocimiento al permitir la prediccion del estado futuro de un sistema. La Practica 6 es una introducion a dos de las tecnicas mas relevantes de simulacion en Biologia y otras disciplinas. Por un lado se introduce el uso del metodo de Runge-Kutta, simulando un sistema o fenomeno por medio de la integracion numerica de una o mas ecuaciones diferenciales ordinarias. Las  ecuaciones diferenciales representan el modelo del sistema  o fenomeno objeto de prediccion (guion PS1). De otro, se estudia el metodo de Monte Carlo, concretamente la simulacion de variables aleatorias y sus aplicaciones a diversas situaciones del mundo real (guion PS2). En ambos casos utilizaremos un programa gratuito de computacion simbolica, el programa Scilab.

La Inteligencia Artificial es una disciplina en la que han surigido tecnicas de utilidad en el mundo real. En la Practica 7 (guion PIA) se introducen dos de las metodologias mas populares por sus aplicaciones en IA, las redes neuronales artificiales y los sistemas expertos. El guion introduce algunos de los modelos de redes neuronales mas importantes desde un punto de vista historico, cientifico y tecnologico, concretamente los modelos de McCulloch-Pitts, Hopfield, perceptron y backpropagation, utilizando para tal fin software con interes educativo, en particular el programa en Java aneuronPrg, una recopilacion de modelos en antiguo lenguaje BASIC BASIC_RNAs y la aplicacion SharkyNN. En la segunda parte de la practica se introduce el estudio de los sistemas expertos, a traves de la herramienta expertise2Go ilustrandose su uso en taxonomia con un ejemplo al que hemos bautizado con el nombre Linneo.